1988 m. po Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio susikūrimo Lietuvoje prasidėjus vadinamajai „dainuojančiajai“ revoliucijai, Lietuvos komunistų partijos Centro komitetas (toliau – LKP CK), Lietuvos TSR Aukščiausiosios Tarybos (toliau – LTSR AT) Prezidiumas ir Lietuvos TSR Ministrų Taryba (toliau – LTSR MT) gaudavo nemažai Lietuvos gyventojų laiškų apie 1941 m. birželį iš Lietuvos besitraukusių sovietinių kariškių ir saugumiečių Rainiuose, Pravieniškėse, Panevėžyje ir kitose vietose vykdytas politinių kalinių, dvasininkų, ūkininkų žudynes. Apie šiuos ir kitus 1941 m. bei antrosios sovietinės okupacijos pradžioje (daugiausiai 1944–1952 m.) NKVD-MGB darbuotojų įvykdytus nusikaltimus 1988 m. daug informacijos pateikdavo Lietuvos periodinė spauda, televizija ir radijas. Siekiant visapusiškai ištirti šių įvykių aplinkybes, Lietuvos komunistų partijos Centro komiteto, Lietuvos TSR Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumo ir Lietuvos TSR Ministrų Tarybos 1988-11-04 nutarimu Nr. XI-2639/320 buvo sudaryta Komisija 1941 metų bei kitų įvykių aplinkybėms ištirti (dokumentuose ji dažniausiai vadinama „Vyriausybine komisija 1941 m. bei kitų įvykių aplinkybėms tirti“).

Vyriausybinė komisija buvo įpareigota apie savo veiklą, tiriant 1941 m. ir pokario laikotarpio įvykių, t.y. sovietų jėgos struktūrų nusikaltimų Lietuvos žmonėms aplinkybes, reguliariai informuoti LKP CK, LTSR AT ir LTSR MT bei skelbti pranešimus spaudoje, per radiją ir televiziją. Komisijos tyrimų išvadas ir sukauptus dokumentus buvo planuojama pateikti LTSR prokuratūros tardytojų grupei, turėjusiai dirbti drauge su pačia komisija.

Iš komisijos narių įrašų Gautų gyventojų prašymų registracijos knygoje galima spręsti komisiją veikus iki 1990 m. balandžio mėnesio. Kai kurių buvusių komisijos narių tvirtinimu, komisija 1990 m. pavasarį liovėsi veikusi savaime – be specialaus AT nutarimo.